Onder de leidinggevende functies vallen in eerste instantie de geleerden, hierna komt de functie van de projectmanager en vervolgens de functie van het bestuur. Hieronder volgt een functie- en bevoegdheden omschrijving van de genoemde functies.
Geleerden
De geleerden met kennis zijn zijn deskundigen op het gebied van de Islaam die ervoor zorgen dat de stichting conform de Islaam bestuurd wordt. Zij zijn overigens degenen die de Stichting leiden, besturen en ondersteunen, en onder wiens verantwoordelijkheid en gezag de projectmanager en het bestuur vallen. Zij bepalen het beleid en de koers van de Stichting, en hebben de uiteindelijke besluitvormingsbevoegdheid. Tevens sturen zij de projectmanager en het bestuur aan.
Projectmanager/bestuursvoorzitter
De projectmanager is een persoon die over Islamitische kennis beschikt, en door de geleerden onder wiens toezicht Stichting alFitrah valt, wordt aangesteld als eindverantwoordelijke en leider voor het functioneren van de Stichting en haar medewerkers. Hij waakt over de voortgang en de continuïteit van de Stichting en bekleedt tevens de functie van bestuursvoorzitter.
Bestuur
De taak van het bestuur is zorg dragen voor het algeheel functioneren van de Stichting. Het bestuur heeft een coördinerende, uitvoerende en leidinggevende functie ten opzichte van de medewerkers. De functie van het bestuur is echter meer uitvoerend dan leidinggevend. Voor alle afzonderlijke bestuursleden geldt dat zij de taken en bevoegdheden toebedeeld krijgen die de voorzitter in overleg met hen bepaalt. Elk bestuurslid heeft een tweeledige functie; eenieder van hen heeft behalve de functie in het bestuur, tevens een functie op de werkvloer. Op deze wijze is het bestuur nauw betrokken bij de gang van zaken op de werkvloer, en daarmee bij het functioneren van de hulpverlening. In beginsel geldt bovendien voor elk bestuurslid dat zij zich houdt aan de in de statuten neergelegde taken. Daarnaast krijgt zij alle werkzaamheden en taken die redelijkerwijs van haar verlangd kunnen worden en binnen het bereik van de doelstellingen van de Stichting vallen. Hieronder volgt een kort overzicht van de functie van de bestuursleden.
Bestuursvoorzitter
Zoals eerder vermeld in het intern beleid is de bestuursvoorzitter tevens de projectmanager van de Stichting. Bijgevolg gelden voor beide functies minimaal dezelfde bevoegdheden. Wegens de positie van de projectmanager boven het bestuur, geldt echter dat deze functie meer bevoegdheden en verantwoordelijkheden met zich meebrengt.
Secretaris
De secretaris is verantwoordelijk voor het uitvoeren van de administratieve zaken in het bestuur. Daarnaast brengt zij periodiek verslagen uit over het functioneren van de Stichting, en notuleert zij bij bestuursvergaderingen. Bovendien heeft de secretaris ook de functie van coördinator; naast haar werk in het bestuur, is haar taak uitvoerend en coördinerend op de werkvloer.
Penningmeester
De penningmeester voert de financiële administratie van de Stichting uit, en brengt periodiek financiële verslagen uit. Tevens stelt zij de jaarrekening op. Ook voor de penningmeester geldt dat zij de functie van coördinator op de werkvloer bekleedt. De penningmeester valt onder de leiding van de projectmanager.